三元區法院共設刑事審判庭、民事審判第一庭、民事審判第二庭、生態環境審判庭、行政審判庭、少年與家事審判庭、立案庭、審判監督庭、執行局、莘口人民法庭、調解速裁庭、政治處、紀檢組、監察科、辦公室、司法行政裝備管理科、司法法警大隊、審判管理辦公室等19個機構，根據其職能劃分如下：
一、審判機構
1、刑事審判庭：是人民法院進行刑事審判的機構，成立于1983年7月，主要審理成年人刑事案件。
2、民事審判第一庭：主要受理婚姻、土地、房屋、債務、賠償等類型的民事案件，以婚姻家庭、債務、房地產三大類為重點，還涉及贍養、繼承、交通事故賠償、勞資糾紛等民事訴訟。
3、民事審判第二庭：審理法人之間、其他組織之間、法人與其他組織之間的借款合同及其擔保合同糾紛案件；公司糾紛案件、企業改制糾紛案件；聯營、合伙、企業承包、企業租賃等經營合同糾紛案件；法人之間、其他組織之間、法人與其他組織之間無因管理、不當得利糾紛案件；企業破產案件及其他應由民商事審判庭適用特別程序審理的案件等民事訴訟。
4、生態環境審判庭：圍繞林業經濟建設和保護林業資源這個中心，加強對山林糾紛等民事案件和盜伐、濫伐林木，亂捕濫獵珍稀動物的刑事案件及時審理，同時配合林業主管林政管理，與林業公安、檢察配合開展專項訴訟活動。
5、行政審判庭：一方面審理好涉及行政機關具體行政行為的行政案件；另一方面支持行政機關依法行政，審理行政機關申請執行的案件，有力地支持行政機關依法行政。
6、少年與家事審判庭：獨立開展涉未成年人的刑事和民事審判工作，并將審判工作延伸到未成年的家庭及其所在的學校、社區，配合、協調公、檢、司以及團委、婦聯、關工委等有關部門，加強綜合治理，采取幫教措施。
7、立案庭：是人民群眾表達訴求，參與訴訟、解決糾紛的重要場所，也是人民法院了解社情民意、服務訴訟群眾、聯系社會各界的橋梁紐帶。其基本功能是訴訟引導、立案審查，立案調解，查詢咨詢、材料收轉、判后答疑、信訪接待等。
8、執行局：是人民法院對一審生效的民事、行政判決、裁定、調解書，以及法律規定由其執行的其他法律文書（如行政處罰、處理決定、仲裁支付令、賦予強制執行效力的公證書等）進行執行的司法機構。
9、審判監督庭：主要職能是行使法院內部的審判監督權。審理不服本院刑事、民事生效裁判本院提起的再審案件；審理上級人民法院再審的刑事、民事案件；審理人民檢察院抗訴的案件；辦理上級法院、區委、區人大交辦的復查案件；負責本院各審判庭審結案件的質量檢查；負責年度執法大檢查工作。
10、莘口人民法庭：是人民法院的派出機構，承擔民商審判、民事調解和一定量的執行任務，管轄區域為莘口鎮、巖前鎮和中村鄉。
11、調解速裁庭：主要負責小額速裁與訴前調解工作，其下設交通巡回法庭，長期派駐于三元區交通管理中心，負責交通事故賠償糾紛的調解工作。
二、機關辦事機構
1、政治處：同黨支部一起做好本院干警思想政治工作；負責本院爭先創優工作，總結推廣典型先進經驗；承辦干警教育培訓中的有具體事宜；協助編制管理部門做好本院的機構編制；協助政府有關部門做好法官任職資格考試工作；辦理本院干部的考核、任免呈報、調配、工資管理工作。
2、紀檢組：貫徹落實區委紀委關于加強黨風廉政建設的決定，維護黨的章程與法規，檢查區法院審判機構和機關辦事機構對黨的路線、方針、政策、決議的執行情況，對黨的控告和申訴進行督察。
3、監察科：維護黨的章程和行政法規，抓好黨風廉政建設，檢查黨員干部違反國家政策、法規和政紀的行為。監察室與經紀檢組既分工又合作，監察室側重行政監督工作。
4、辦公室：協助院領導組織、協調、處理司法公務；負責院長辦公會和其他會議的組織安排和決定事項的督辦；負責與人大代表，政協委員的聯絡工作；起草綜合性文件；主管秘書、文電、機要、檔案、文印、財務、機關事務管理、綜合性會議的組織；負責審判委員會會務；安排法院對外接待及相關的外事活動。
5、司法行政裝備管理科：負責區人民法院機關的固定資產、基本建設、環境秩序的規劃、管理工作；承擔院機關辦公大樓、干警宿舍的管理、維修；負責本院各項經費，辦公用品保障和車輛管理使用、維修保養等工作；負責本院辦公自動化建設、辦公自動化設備的管理、維修工作，不斷提高司法保障能力。
6、司法警察大隊：負責司法警察警務工作；警衛法庭、押解人犯、協助送達司法文書；配合有關案件執行事項；維護機關秩序，依法執行其他法警任務。
7、審判管理辦公室：專司審判質效管理，以努力優化“三十一率”為目標，扎實開展審判管理工作。
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